Aber an die Begrenzung der Anzahl der Fahrzeugaktivierungen durch die App kann ich mich auch noch erinnern - kann es sein, dass da mal die Logik für die Nachladung der 12V-Batterie geändert wurde 
Die Begrenzung der Aktivierungen durch die Einstellung der App hat, im besten Fall, den Stromverbrauch des 12V-Netzes verringert, weil halt mehrere Aktivierungen, die keine automatische Aktivierung der HV-Batterie zur Folge haben, schlichtweg die Spannung der 12V ordentlich herunter ziehen können.
Mit dem Laden der 12V-Batterie hatte das, jedenfalls soweit ich diese App-Funktion verstanden habe, nichts zu tun.
Ab SW 4.0 wurde, so stellt es sich für mich anhand der hier im Forum bereits verlinkten user-Spannungsdiagramme jedenfalls dar, die 12V-Ladetaktik beim HV-Laden verändert:
Während SW < 4.0 Fz beim Laden der HV-Batterie noch eine "klassische" Ladecharakteristik aufweisen (ähnlich einem üblichen 12V-Netzladegerät, z.b. CTEK), also mit Hauptladung (14-15V) und ladezustandsabhängiger Umschaltung auf Erhaltungsladung (rund 13,5V), wird ab SW 4 das Bordnetz quasi nur noch mit einer konstanten "Lager"-Spannung (ca 13,2V) gestützt.
In dem Fall findet daher in dieser Zeit nahezu keine Ladung der 12V-Batterie mehr statt.
Das war eventuell, je nach den individuellen Bedingungen, nicht ganz so schlau.
Zusatz:
Ich habe es mit der "Aktivierung beim App-Aufruf" eben drei mal hintereinander durch gespielt:
Wie befürchtet......
Bei App-Aufruf wird das Fz aufgeweckt, ohne dass eine Stützung oder Ladung der 12V-Batterie aktiviert wird.
Beim ersten Aufruf der App ging die Spannung von 12,77V auf minimal 12,4V runter.
Der ganze Aufweckvorgang braucht für ca 2-3 Minuten Strom.....(ich hatte das schon mal gemessen: ca 6A).
Danach habe ich die Skoda App beendet und kurze zeit später erneut aufgerufen.
Es passiert dann im Prinzip wieder das Gleiche, nur mit der Folge, dass die Batterie minimal bereits auf 12,35V herunter war.
Beim dritten mal war die Minimalspannung der Batterie, die vorher bei Busruhe 12,77V hatte, bereits bei minimal 12,26V gelandet.......
Wie lange das Spiel mit der App geht, weiß ich nicht, meine aber in einer früheren App-Version etwas von maximal 3 mal pro Tag gelesen zu haben.
Ich brauche diese tolle Funktion nicht (ich weiß nicht mal wofür man die braucht...) und werde die Einstellung daher auch umgehend wieder zurück nehmen, denn eines ist sicher:
Sie kostet bei jedem Aufruf Strom aus der 12V-Batterie und zieht die Spannung bis zum nächsten laden der 12V-Batterie nachhaltig runter und das wäre gerade im Winter nicht so optimal.
Mir reichen die automatischen, bei mir sehr seltenen Extra-Aufweckungen des Fz völlig aus....und z.b. EMike, der erhebliche 12V-Probleme durch automatische Aufweckungen hat, sollte diese tolle App-Funktion ganz bestimmt nicht nutzen.... 
Ein dringendes Entwicklungsziel bei den MEB sollte m.E. sein, diese Aufweckvorgänge möglichst selten zu halten und, parallel dazu, dafür zu sorgen, dass ein solcher Aufweckvorgang, bei dem es letztendlich nur darum geht, dass Daten mit dem Server ausgetauscht werden, deutlich kürzer wird und deutlich weniger elektrische Leistung durch die Batterie benötigt.
