Kann es sein, dass eine "zu volle" 12V Batterie bewusst vom Auto entladen wird?
Warum sollte das so sein?
Im Gegensatz zu aktuelleren, reinen Verbrennern des Konzerns muss der Ladezustand der 12V-Batterie nicht gewollt auf einem geringeren Level (dort i.d. R 80%) gehalten werden, sondern es wird tendenziell immer voll geladen und genau das mögen Bleibatterien am liebsten (und deswegen, weil es ähnlich war, hielten die Batterien früher (vor S&S plus Mminimalrekuperation beim Verbrenner) im Schnitt deutlich länger)
Überladen wird beim MEB nicht, denn ab einem bestimmten Ladezustandsbereich, wenn der Ladestrom bei den Standard-rund 14,5V Ladespannung bereits deutlich gesunken ist, schaltet die MEB-Ladetechnik meist auf rund 13,5V "zurück" und das ist eine reine Erhaltungsspannung. ...ähnlich wie es bei nahezu jedem aktuelleren Netzladegerät der Fall ist.
Wenn die 12V-Batterie "bewusst" ohne Sinn entladen wird, wäre das schon eher eine vorsätzliche Schädigung der Batterie....also quasi Sabotage...
Bei E-Mike kommt/kam es ja zu einer Entladung, die irgendwann in der Ruhephase statt fand und wo man bisher keinen "Sinn" ausmachen konnte. Ich unterstelle dabei nicht, dass dies vom Hersteller "bewusst" gemacht wird, um z.b. die 12V-Batterienproduktion an zu kurbeln o.ä.... 
Im Gegenteil, nach dem zu urteilen, was E-Mike nach der "Diagnose" durch den Hersteller mitgeteilt wurde, ist der selbst (leider) völlig ratlos, gibt an, dass es sich eventutell um eine ungünstige Kombination von SW und HW handeln könnte, lässt aber nicht erkennen, dass er sich näher darum kümmern wird.
In deinem Fall sieht es für mich, wenn die längere Entladung nicht zu erklären ist, tatsächlich nach praktizierter Lebensdauerverkürzung der Batterie aus, denn die Spannung ist nach dieser "Aktion" bereits in einem Bereich, der für eine Blei-Starterbatterie auf Dauer nicht "gut" ist.