Der CW-Wert ist ja nur ein Maß für die "Windschlüpfrigkeit". Den Luftwiderstand erhält man erst durch die Multiplikation des CW-Wertes unter anderem mit der Querschnittsfläche (und der Dichte der Luft und der Geschwindigkeit im Quadrat). Und da ist es egal, ob die Querschnittsfläche breiter als hoch oder umgekehrt ist.
Bei der Montage auf dem Auto kommen noch Sondereffekte dazu, z.B. Luftverwirbelungen im Spalt zwischen der Box und dem Fahrzeugdach, so dass der gesamte Luftwiderstand höher sein wird als die Summe der theoretischen Luftwiderstände von Auto und Box.