Ob es einem tatsächlich rechtlich helfen würde, wenn man nachweisen kann, dass kein physikalischer Zusammenhang zwischen Modifikation und Defekt besteht ist auch fraglich.
Ein Kollege musste mal bei einem Parkrempler den verursachten Schaden selber zahlen. Die Haftpflicht hatte nicht gezahlt, weil er einen un-eingetragenen Luftfilter verbaut hatte.
Hat mit dem Unfall offensichtlich 0.0 zu tun - die Argumentation war: Die Betriebserlaubnis des Fahrzeugs war damit erloschen, er hätte es nicht fahren dürfen, dann wäre auch kein Unfall passiert.
Dies sei ein Verstoß gegen die StVZO, und grob-fahrlässig, da "wissentlich!", und grob-fahrlässigkeit ist Versicherungsausschluss. Das Gericht folgte dem.
Analog für diesen Fall könnte die Argumentation dann bei defektem Subwoofer lauten:
Wenn in den Garantiebedingungen steht: "Keine Fahrwerksmodifikationen", dann hast du gegen die Garantiebedingungen verstoßen, egal ob der Defekt damit zusammenhängt oder nicht.
Die Garantieverlängerung ist als ganzes wirksam, nicht teilweise. Wenn du Vertragsbestandteile nicht einhältst, ist der Vertrag nichtig. 
(Also "maximale" Kundenfeindlichkeit vorausgesetzt. Oft steht dazwischen aber ja das Autohaus, und wenn die nix von einer Tieferlegung "erwähnen", weil Sie (menschlich) keinen Zusammenhang mit dem Subwoofer-defekt sehen,
dann geht der Subwoofer wohl auf Garantie
)